En 2018, en collaboration avec une équipe de république Tchèque et une équipe du CIIL,  la cartographie du transcriptome primaire de la bactérie pathogène Bordetella pertussis, l’agent responsable de la coqueluche, avait été établie par la plateforme GO@L (travail de thèse d’Alexandre D’Halluin). Des méthodes spécifiques de séquençage haut débit telles que le RNA-seq différentiel (differential RNA-seq) et le 5’RACE-NGS pour déterminer les sites de démarrage de transcription (TSS) avaient été utilisées. Ce travail a permis de mettre en évidence l’importance des séquences d’insertion (IS elements) et de leurs promoteurs dans le modelage et l’architecture du transcriptome de la bactérie.

L’un des nouveaux transcrits mis en évidence lors de cette première étude a fait l’objet d’une caractérisation complète. Ce transcrit, Rfi2, s’avère être un ARN régulateur du fimbrié majeur de sérotype2 Fim2 et il est impliqué dans la cytotoxicité et potentiellement dans l’évasion immunologique du pathogène lors de l’infection.

D'Halluin A, Petráčková D, Čurnová I, Držmíšek J, Čapek J, Bouquet P, Henin L, Antoine R, Coutte L, Locht C, Večerek B, Hot D. An IS element-driven antisense RNA attenuates the expression of serotype 2 fimbriae and the cytotoxicity of Bordetella pertussis. Emerg Microbes Infect. 2025 Jan 9:2451718. doi: 10.1080/22221751.2025.2451718.

Actualisation 2025 : Pour en savoir plus sur notre accompagnement des projets multi-omiques : Guichet MOICan de PLBS

Dans le cadre d’une étude de l’effet des IgG chez des patients atteints de sclérodermie systémique, menée par l’unité de recherche INFINITE, les plateformes GO@L (S Sebda, JP Meneboo, M Figeac) et Bilille (G Marot) ont apporté leurs expertises dans les approches Omiques et Multi-Omiques. 

Résumé : Les auto-anticorps sont fréquents dans la sclérodermie systémique (SSc), mais leur rôle pathogène reste débattu. Cette étude utilise une approche multi-omique pour analyser l'effet des IgG purifiées de patients atteints de SSc cutanée diffuse ou limitée sur l’expression protéique et génique des fibroblastes dermiques. L'analyse protéomique (LC-MS/MS) a révélé des profils distincts selon le sérotype d’auto-anticorps montrant que les IgG anti-topoisomérase-I induisent des changements spécifiques, enrichissant des protéines impliquées dans l’adhésion focale ou la liaison aux cadhérines par exemple. L’analyse transcriptomique a ensuite permis de confirmer ces résultats tout en apportant des spécificités. Puis en procédant à une analyse intégrée des résultats de protéomique et de transcriptomique nous montrons que les igG participent au remodelage de la matrice extracellulaire et activent les fibroblastes, suggérant un rôle pathogène des auto-anticorps dans certains sous-types de SSc.

Retrouvez l’article dans son intégralité

Le multi-photon Leica SP8 de BICeL, localisé dans animalerie du campus IPL, a été amélioré grâce à un investissement soutenu dans le cadre de 'lappel à projet Equipemets de l'Unvieristé de Lille.

Le microscope est maintenant doté d’un laser à 405 nm (passage à 4 couleurs + 2P + SHG) et de l'outil de déconvolution adaptative Lightning pour l'amélioration de la qualité des images par déconvolution adaptative.

Un atout pour les imageries en profondeur sur échantillons épais et/ou large.

Pour faire un essais sur vos modèles, contacter la responsable de l'équipement 

La plateforme Genomics at Lille (GO@L) vient de s’équiper de deux nouveaux instruments de la société 10x Genomics pour réaliser des analyses de type Single Cell RNA-seq. 

Deux Chromiums iX ont été acquis grâce au financement CPER ResistOmics. L’un est installé sur le Campus Santé dans le bâtiment Plateformes - Cancer et l’autre sur le campus de l’Institut Pasteur de Lille dans le bâtiment Emile Roux (en LNSB2). Ces 2 Chromiums viennent remplacer le Chromium Controller en place sur le Campus Santé depuis 2020 et permettent dorénavant d’utiliser la chimie GEM-X de 10x.

N’hésitez pas à nous contacter à l’adresse genomique-plbs[at]univ-lille.fr pour toute demande de renseignements.

Explorer le Vivant : Outils d’Imagerie Cellulaire au Service de la Biologie

Meryem TARDIVEL

Venez explorer le vivant et decouvrez tous les outils mis à votre disposition par le BioImaging Center Lille !

Dans le cadre de Save your Fridays, animations scientifiques hebdomadaires organisées par le bureau de la recherche de la Faculté des Sciences du Sport et de Santé ayant pour objectif de valoriser la recherche et de communiquer sur les avancées en biologie-santé du site Lillois.

Voir ou revoir le webinaire

À l’occasion de la Fête de la Science 2024, nos équipes ont contribué à deux ateliers immersifs désormais accessibles dans le cadre de la visite virtuelle du parcours scientifique des Sciences infusent :

• Circulez, y'a tout à voir !
  Cet atelier ludique et éducatif invitait le public à explorer les merveilles invisibles de l’eau : des courants aux ondes, en passant par la tension de surface. Il se prolongeait par une rencontre avec les micro-créatures peuplant les mares, observées au microscope.

• Un océan dans une mare !
  Une découverte comparative des systèmes de circulation des fluides : depuis la capillarité dans les plantes jusqu’au fonctionnement de la pompe cardiaque chez les mammifères. Une immersion directe dans ces mécanismes vitaux à l’aide de microscopes et de maquettes interactives.

👉 Explorez ces ateliers et bien d’autres grâce à la visite virtuelle : https://sciencesinfusent.univ-lille.fr/visitevirtuelle-fds2024

Nous remercions chaleureusement toutes les équipes scientifiques, les animateurs et nos partenaires pour leur engagement dans la diffusion des sciences. Ensemble, continuons à éveiller la curiosité et à partager la passion de la recherche ! 💡

La plateforme GO@L a organisé un séminaire consacré à la technologie de séquençage de 3^ème génération développée par la société Oxford Nanopore Technologies. Près de 60 personnes se sont retrouvées dans l’amphithéâtre de l’IBL sur le campus Pasteur-Lille pour discuter des dernières avancées dans le domaine. Les travaux récents menés par GO@L pour plusieurs équipes de la communauté scientifique lilloise ont été exposés.

N’hésitez pas à contacter les responsables de la plateforme GO@L pour plus d’informations sur les possibilités qu’offre cette technologie : genomique-plbsuniv-lillefr

Dans le cadre d’un projet de recherche avec l’une de nos collaboratrices, Sylvie Galiègue-Zouitina, et ses travaux sur le gène RhoH, la plateforme GO@L a entrepris de développer une nouvelle méthode d’étude des transcrits par une approche pleine longueur. Nous avons réalisé le séquençage des transcrits de RHOH en utilisant une méthode de ciblage et de séquençage à haut débit par la technologie long reads d’Oxford Nanopore (ONT). Sachant que l’initiation de la traduction de RhoH se fait exclusivement à partir des exons 2 et 4 dans les cellules B et T, notre but était une recherche exploratoire de tous ses transcrits par la technique de RACE-PCR puis révélation des résultats par séquençage sur le MinION (ONT). Après analyse bioinformatique par la mise en place d’un pipeline d’outils dédiés et de filtres drastiques nous assurant la qualité de ces analyses, nous avons pu détecter 38 molécules d’ARMm du gène RhoH, dont 25 nouvelles et jamais décrites, ainsi que deux transcrits de fusion avec le gène voisin (LINC02265). Ces résultats ouvrent des perspectives nouvelles sur la biologie du gène mais aussi offrent un regard nouveau sur la puissance du séquençage à haut débit, notamment long reads, à bousculer l’univers connu du monde de la génomique.

Leprêtre F, Meneboo JP, Villenet C, Delestré L, Quesnel B, Shelley CS, Figeac M, Galiègue-Zouitina S. Full-length RNA-Seq of the RHOH gene in human B cells reveals new exons and splicing patterns. Sci Rep. 2024 Nov 16;14(1):28297. doi: 10.1038/s41598-024-79307-0.

La cytométrie spectrale : le single-cell high-content à portée de main

Olivier MOLENDI-COSTE

Dans le cadre de Save your Fridays, animations scientifiques hebdomadaires organisées par le bureau de la recherche de la Faculté des Sciences du Sport et de Santé ayant pour objectif de valoriser la recherche et de communiquer sur les avancées en biologie-santé du site Lillois.

Voir ou revoir le webinaire

L’épididyme, autrefois considéré comme un simple tube accessoire du système reproducteur masculin, est désormais reconnu comme essentiel à la fertilité masculine. En plus de soutenir la maturation et la survie des spermatozoïdes, il joue un rôle immunitaire complexe en équilibrant la tolérance aux antigènes des spermatozoïdes et la protection contre les agents pathogènes. Malgré les avancées dans la compréhension de son immunobiologie aux niveaux moléculaire et cellulaire, l’organisation de ses réseaux sanguins et lymphatiques reste mal connue.

Dans cette étude, la plateforme BiCeL a utilisé un modèle de souris transgénique VEGFR3:YFP associé à une imagerie 3D haute résolution, à la transparisation d’organes et à la détection multiplexe de marqueurs lymphatiques (LYVE1, PDPN, PROX1) et sanguins (PLVAP/Meca32). Cette approche a permis d'obtenir une vue 3D complète de la vascularisation épididymaire chez des souris adultes matures ainsi que pendant le développement postnatal. Cette étude a impliqué des chercheurs de Lille et Clermont Ferrand.

Pour en savoir plus : Damon-Soubeyrand. et al. (2023).  Three-dimensional imaging of vascular development in the mouse epididymis. Elife, 2023 Jun 13:12:e82748. doi: 10.7554/eLife.82748. 

Retour sur le rendez-vous annuel de bilille avec ses utilisateurs

Bilille présentait le bilan de son activité 2023 et ses perspectives pour 2024 le 9 avril depuis le siège de l'université de Lille.

Vous souhaitez retrouver le support de présentation et l'enregistrement de la session ? N'hésitez pas à contacter les responsables de la plateforme.

Et vous pouvez aussi découvrir le nouveau site de bilille, par ici !

En février 2024, en lien avec Eurasanté, le BioImaging Center Lille a organisé des visites dédiées aux entrerpises de ses nouveaux locaux sur le campus Santé de l'Univeristé de Lille. A la suite de ces visites, Eurasanté nous a proposé une interview croisée de deux de nos ingénieures, Meryem Tardivel et Nathalie Jouy. Toutes deux ingénieures de recherche, elle vous parlent de leurs technologies de prédilection et de leur parcours.

Merci encore à Eurasanté pour cette mise en lumière !

Retrouvez l'interview et d'autres portraits d'acteurs de la recherche sur le site web d'Eurasanté.

Le 16 novembre 2023, le projet d'Alliance pour la Recherche en Imagerie Avancée en Neurosciences et Santé Mentale (ARIANES) a été lancé à l’Hôtel de Région Hauts-de-France, en présence des acteurs impliqués : l'Agence régionale de santé Hauts-de-France, l'Inserm, l'Université de Lille et l'UFR3S - Université de Lille.

ARIANES s'inscrit comme un projet fédérateur pour la recherche fondamentale et clinique en neurosciences, grâce à l'acquisition d'une IRM 7 Tesla prochainement implantée au CHU de Lille. Cet IRM permettra l'identification de nouveaux biomarqueurs des pathologies neurologiques et mentales, dont l'incidence et la prévalence vont augmenter d'ici les prochaines années.

ARIANES consiste à mettre en réseau et à rendre interopérables les 22 IRM 3 Tesla situés sur le territoire des Hauts-de-France afin d'améliorer le dépistage, le diagnostic précoce et le suivi des patients atteints de maladies neurologiques et psychiatriques.

ARIANES est piloté par le CHU de Lille, l’Université de Lille et l’Inserm. Il bénéficie du soutien de l’État, de la Région Hauts-de-France, de l’Agence régionale de santé Hauts-de-France, de la Métropole Européenne de Lille (MEL), du CHU de Lille, de l’Inserm et de l’Europe (Feder – React EU).

Retrouvez la présentation du projet