La plateforme Bilille co-organise avec l'équipe de recherche Bonsai du CRiStAL, la première journée lilloise de la bioinformatique (JOLIBIO). Le but de cette journée est de favoriser les rencontres et les discussions entre acteurs et actrices de la bioinformatique, académiques ou industriels, en ingénierie ou en recherche.

Programme et inscriptions

SINBIOS est la 8^e plateforme de PLBS. Crée en février 2022, elle offre aux unités de recherche en biologie et santé de la métropole lilloise un soutien informatique pour la Biologie dans les domaines suivants :

• la gestion des données de recherche, en termes de stockage, partage, conservation et sécurisation

• l’intégration logicielle avec l’étude, l’installation et la configuration de solutions logicielles et matérielles pour optimiser la collecte, le stockage et l'analyse de vos données de recherche

• la construction sur mesure d’espaces de travail collaboratif sécurisés pour vos projets de recherche

• le conseil dans le choix des technologies informatiques les plus appropriées pour vos activités de recherche

• l’aide à l'installation et la configuration des logiciels scientifiques disponibles sur les systèmes Linux, avec possibilité de formation ou transfert de compétences pour vos équipes

Vous avez un projet dans lequel vous pensez que SINBIOS peut vous accompagner ? N'hésitez pas à compléter un dossier avant le 27 octobre 2023.

Cette édition 2023 de la Fête de la Science proposait de donner un éclairage sur des recherches en lien avec la mobilité sportive (mais pas exclusivement !)

On vous offre un petit échantillon des ateliers de PLBS avec l'UGSF , l'URePSSS et le LOG  au stade de Marcq en Baroeul pour le Festival des Sciences du CNRS (weo , X) et au Musée d'Histoire Naturelle de Lille avec l'Université de Lille.

Cette édition de la Fête de la science propose de donner un éclairage sur des recherches en lien avec la mobilité sportive (mais pas exclusivement !)

Pour aborder ces questions, les chercheur·euse·s ont conçu des ateliers qui permettront d'échanger avec le public scolaire le jeudi et le vendredi, ainsi qu'avec tous les publics le samedi.

PLBS, l'UGSF et le LOG vous proposent de venir apprendre à nager comme un plancton !

Toutes les informations ici

Pour fêter les 70 ans de la découverte de l'ADN, vous êtes invités au prochain Thermo Fisher Day sur le Campus Santé de l'Université de Lille, au Bâtiment Plateformes-Cancer.

Vous pourrez profiter d'une restauration sur place et également d'une animation inédite : présence toute la journée d'un caricaturiste !

Toutes les infos ici !

À l’occasion de la Fête de la science 2023, l’Université de Lille vous propose un parcours scientifique composé d’ateliers ludiques et pédagogiques autour de la thématique nationale : sport & science ! Ce parcours s'inscrit dans le Festival des sciences de l'Université de Lille et vous pourrez y retrouver 2 ateliers créés et animés par les chercheurs, ingénieurs et doctorants des plateformes et laboratoires lillois (PLBS, UGSF, UREPSSS) et l'ABL au Musée d’histoire naturelle de Lille, les 7 et 8 octobre !

L’entrée est gratuite, et on vous réserve de belles surprises. Donc que vous aimiez les belles maquettes animées, les gros microscopes, le sport, ou les dragibus, passez nous voir ce weekend !

Bilille et les services formation des personnels de l'Inserm, du CNRS et de l'Université de Lille vous proposent tout au long de l'année 2023 un cycle de formation d'introduction à l'analyse des données de séquençage à haut débit.

Attention, à partir de 2023 les modules “Variants”, “Métagénomique” et “ChIP-seq” ne seront ouverts qu’un an sur deux :

• Module 1: Analyses ADN, 8 et 9 Mars 2023 (2 jours) [fiche]
• Module 2: Analyses de variants (ouvert en 2024)
• Module 3: Métagénomique, du 4 au 6 Avril 2023 (3 jours) [fiche]
• Module 4: Analyses ChIP-seq (ouvert en 2024)
• Module 5: Analyses RNA-seq, automne 2023 [fiche]

Toutes les informations avec le programme détaillé et les modalités d'inscription sont disponibles sur le site de la plateforme.

L'analyse de données de cytométrie est le plus souvent réalisée manuellement (FlowJo, Cytobank, Diva...), mais des outils ont été développés afin de permettre une analyse non supervisée (réduction de dimension et clustering) et non biaisée. Ces outils se révèlent d'autant plus utiles que 1) les nombre de paramètres étudiés est élevé, le gating manuel bi-paramétrique "classique" étant d'autant plus fastidieux, subjectif, et non exhaustif, et 2) le nombre d'échantillons à analysé est grand.

Nous vous proposons une première approche théorique de ces outils et algorithmes le mercredi 11 octobre de 9h00 à 12h00 amphithéâtre Buttiaux de l'Institut Pasteur de Lille.

Inscription par simple retour de mail : olivier.molendi-costeinsermfr

La plateforme Bilille co-organise avec l'unité de recherche METRICS une demi-journée scientifique sur le thème "jumeaux numériques" au pôle recherche de la faculté de médecine de Lille le 6 juillet 2023 après-midi.

Programme et inscriptions

Venez vous former à l'analyse d'images avec l'équipe du BioImaging Center Lille !

Public visé : Chercheurs, Ingénieurs, Techniciens, Doctorants, Post-doctorants

Dates : 3 sessions (9 et 10 mars, 4 et 5 mai ou 6 et 7 juillet 2023)

Lieu : Salle informatique Sillage – 6 rue du Professeur Laguesse à Lille

Formation limitée à 10 personnes par session. 

Modalité d'inscription via le service de formation continue de votre employeur. Plus d'informations.

Le 5 juillet, le Cancéropôle Nord-Ouest organise une après-midi thématique en distanciel sur le thème "Cancer et fonctions cognitives : Axe Microbiote-Intestin-Cerveau" en distanciel.

A cette occasion, Ségolène Caboche, ingérieure de recherche sur la plateforme GO@L, assurera une présentation intitulée «  Microbiote : Métagénomique ciblée et les solutions d'analyse ».

Programme

Inscription gratuite mais obligatoire avant le 4 juillet, 14h

Le 19 juin de 14h à 18h30, la plateforme LiiFE de PLBS accueille la plateforme Cyceron de l’Université de Caen. LiiFE et Cyceron proposent l'intégration des modalités d’imagerie in vivo et des modèles expérimentaux permettant une meilleure compréhension de la physiologie et de la physiopathologie des maladies humaines.
Après une introduction des deux plateformes, l'après-midi du 19 juin se poursuivra avec une présentation de projets de recherche conduits avec LiiFE et Cyceron par les Unités de recherche.

Les communications orales se tiendront au pôle recherche du campus Santé dans l'amphi A.

Des posters seront également installés dans l'atrium. Si vous souhaitez présenter un poster de vos travaux réalisés avec LiiFE (imagerie pré-clinique, imagerie clinique ou exploration fonctionnelle et comportementale) ou avec Cyceron, n'hésitez pas à nous l'indiquer via le formulaire d'inscription. 

Inscription recommandée avant le 15 juin

Programme

Retrouvez le portrait de science de Karl Oulmi, expert en Infrastructures informatiques, et responsable de SINBIOS, notre 8e plateforme créée en 2022.

Merci au CNRS pour cette belle mise en lumière !

La prochaine formation théorique à la cytométrie proposée par le plateau de cytométrie du BICeL aura lieu le vendredi 02 Juin de 13h à 16h en salle citadelle sur le Campus Pasteur Lille. 

Cette formation est à destination des futurs utilisateurs du plateau de cytométrie que cela soit sur le Campus Pasteur Lille ou sur le Campus Santé.

Pour s'inscrire, contacter Olivier Molendi-Coste.  

La plateforme LiiFE vous invite à la présentation du Professeur José Dolz (ETS Montréal) intitulée “How to improve your uncertainty estimates in deep models. Learning with limited supervision in the era of deep learning”. Ce séminaire aura lieu le vendredi 26 mai à 9h30 :

• en présentiel dans l’amphithéâtre de l’hôpital Roger Salengro (au niveau -2)

• et en visio  

Pour plus d'informations, contacter Romain Viard, ingénieur traitement du signal de LiiFE.

PLBS invite les membres des unités de recherche utilisatrices de ses plateformes à une rencontre autour des développements méthodologiques et technologiques réalisés avec et pour eux !

Au cours de la matinée du 2 mai, vous aurez l'opportunité de découvrir des projets réalisés sur les plateformes. Des sessions posters permettront aux ingénieurs et techniciens des plateformes de vous présenter les équipements nouvellement arrivés et qui vous sont désormais accessibles. Plusieurs emplacements seront proposés pour les posters d'utilisateurs souhaitant partager leurs travaux ayant eu recours à au moins deux de nos plateformes.

Un buffet déjeunatoire sera servi entre 12h30 et 14h.

Au plaisir de vous rencontrer ! 

Retrouvez le programme ici

Inscription gratuite mais obligatoire ici

Les trois infrastructures nationales ProFi, FranceBioImaging et FRISBI ainsi que le GIS IBiSA lancent leur second appel pour un accès aux plateformes labelisées IBiSA, financé jusqu'à 5000 € pour couvrir vos frais d'utilisation de plateformes. 

Bonne nouvelle ! PLBS compte dans le domaine de l'imagerie, de la biologie structurale ou de la glyco-protéomique 3 plateformes labelisées par le GIS IBISA. Vous souhaitez recourir à ARIADNE, BICeL ou PAGés-P3M ? N'hésitez pas à répondre à cet appel à projets avant le 21 avril 2023.

Toutes les informations sur cet appel à projets ici. 

A l'occasion du 10^e anniversaire du plateau de phénotypage métabolique de l'animalerie EOPS, Emilie Caron, ingénieure en responsabilité du plateau, vous propose de faire un bilan des réalisations de cette installation. En lien avec l'animalerie PHExMAR de la Cité scientifique, vous pourrez assister à une présentation de l'ensemble de l'offre en approche d'exploration métabolique de PLBS.

Nous vous donnons rendez-vous dans l'atrium du Pôle Recherche le 3 avril 2023 à 10h autour d'un buffet sucré et de posters illustrant les réalisations du plateau de phénotypage métabolique de la souris.

Les utilisateurs souhaitant présenter leurs travaux réalisés sur le plateau au cours de ces 10 années sont invités à nous adresser un poster pour le 27 mars 2023. PLBS assurera la prise en charge de l'impression.

La société Sable System, leader en terme de calorimétrie indirecte, vous présentera les dernières évolutions de leurs dispositifs exploratoires dans l'amphi B à partir de 11h.

Participation gratuite, inscription obligatoire ici. 

Venez nombreux !

bilille vous propose son rendez-vous annuel le mardi 21 mars à 14h00 afin de vous présenter le bilan de ses activités 2022 et ses perspectives pour 2023.

A cette occasion, nous invitons également Audrey Bihouée et Nadia Goué des plateformes de bioinformatique BiRD à Nantes et AuBI à Clermont-Ferrand, qui nous présenteront les activités et le fonctionnement de leurs plateformes respectives.

Merci de vous inscrire à ce rendez-vous via le site web de bilille

Evénement en visioconférence. Le lien de connexion sera communiqué la veille de l'événement.

Nous avons le plaisir de vous inviter le 17 mars 2023 à la présentation de nouvelles technologies spatiales d’hybridation in-situ qui permettent d’identifier des milliers de transcrits ou protéines à l’échelle sous cellulaire. Dans le cadre d’un projet d’investissement CPER, nous souhaitons acquérir et donner accès à ces technologies à la communauté Lilloise au travers de PLBS.

infos et inscription ici

La biomasse lignocellulosique est un réseau complexe de polysaccharides et de lignine qui nécessite une étape de prétraitement pour surmonter la récalcitrance et optimiser la valorisation en produits biosourcés. Le prétraitement de la biomasse induit des changements chimiques et morphologiques. La quantification de ces changements est essentielle pour comprendre la récalcitrance de la biomasse et pour prédire la réactivité de la lignocellulose.

Dans cette étude, une méthode automatisée est proposée pour la quantification des paramètres chimiques et morphologiques par le biais de l'analyse de l'ADN, des paramètres chimiques et morphologiques par macroscopie de fuorescence. PLBS a développé les stratégies d'analyse d'image qui sont desormais disponibles pour l'ensemble de ses utilisateurs. 

Retrouvez l'article dans Plant Methods

Intervenant : Karim Mesbah, Directeur opérationnel de plateau d'élevage et d'exploration fonctionnelle, Biocampus Montpellier et Expert scientifique Cellule AFiS du MESRI.

Public visé : Tout détenteur d'une certification de concepteur de projet ou applicateur de procédures expérimentales salariés ou étudiants de l'Université de Lille, CNRS, Inserm, Institut Pasteur de Lille et CHU de Lille

Lieu : Amphi B, Pôle Recherche de la Faculté de Médecine

Horaires : 9h-12h

Formation GRATUITE pour les personnels Université de Lille, CNRS, Inserm, Institut Pasteur de Lille et CHU de Lille.

Formation de 3h s'inscrivant dans le cadre de la formation continue obligatoire. Une attestation de formation sera délivrée à l'issue de la formation.

Venez vous étonner des super-propriétés de l’amidon avec Corentin Spriet, notre correspondant communication et médiation scientifique !

Le Bar des Sciences est un événement bi-mensuel, impulsé par la Faculté des Sciences et Technologies de l'Université de Lille.

Entrée libre et gratuite.

Le GIS IBiSA vient de décerner son label à notre plateforme d'imagerie du vivant et exploration fonctionnelle, LiiFE, ce qui porte à 6, avec BICeL, GO@L, PAGés-P3M, bilille et ARIADNE, le nombre de plateformes des PLBS membres du GIS IBiSA. Merci à IBiSA pour cette reconnaissance nationale !

Retrouver plus d'informations sur l'offres de service de LiiFE et ses projets en cours ici

Dans le cadre du réseau métier ingénieur.e.s lillois, bilille organise un workshop de 2 jours autour de la communauté internationale et des pipelines de bioinformatique nf-core, les 8 et 9 Décembre sur le campus Cité Scientifique de l’Université de Lille, à Villeneuve d’Ascq.

Inscription jusqu'au 14 novembre 2022 et informations sur la page de la journée

L'appel à projets 2023 de la plateforme de bioinformatique bilille est ouvert. Cet appel couvre la période janvier-décembre 2023 et concerne des missions ingénieurs de 1 à 3 mois, qui doivent relever du champ thématique de la plateforme : bioanalyse, bioinformatique, biostatistique. Il peut s'agir par exemple de test d'outils, d'analyse de données, de petits développements informatiques.

Ce service est pris en charge par la dotation allouée à PLBS (UAR 2014-US 41) par l’Université de Lille et est à ce titre sans frais pour les unités de recherche lilloises.

Cet appel à projets est ouvert aux seules unités de recherche lilloises.

Pour plus d'informations et pour accéder au formulaire de candidature

Savez-vous que les expériences ne se vivent pas que dans les laboratoires ? « Les Échappées inattendues – la science racontée par le CNRS » le prouveront les 18 et 19 novembre au Centquatre, à Paris. Les scientifiques proposent aux visiteurs de découvrir leur univers au travers de récits, d’expériences immersives, d’ateliers et de démonstrations réalisées en direct. Le tout étant résolument ludique et accessible. Cet événement marque également le lancement d’un nouveau dispositif de médiation scientifique du CNRS qui sera ensuite déployé partout en France à partir de 2023.

Venez en particulier nous voir lors de la conférence démo: La patate à la rescousse de la méthode scientifique ! Samedi 19 novembre à 14h

Apprenez comment faire du plastique à partir de l’amidon des pommes de terre tout en adoptant la méthode scientifique : sa démarche et ses expérimentations, avec  Xavier Roussel (UGSF) et Corentin Spriet (PLBS et UGSF).

Toutes les infos ici : https://echappeesinattendues.cnrs.fr/

Depuis plus de 20 ans, l’intelligence artificielle démontre son efficacité dans de nombreuses applications notamment dans le domaine de la santé, plus récemment l’avènement du deep-learning a révolutionné à son tour le monde de l’imagerie médicale. C’est pourquoi les plateformes de bioinformatique bilille et d’imagerie LiiFE (Plateformes Lilloises en Biologie et Santé UAR 2014 – US 41) vous proposent une après-midi ouverte sur le thème ImAgerie & IA le 16 novembre 2022. Durant cette après-midi, 4 orateurs se succéderont afin d’aborder les méthodes et enjeux de l’IA illustrés par des applications en neuroradiologie et en radiothérapie. Organisée en présentiel au pôle recherche du campus Hospitalo-Universitaire de Lille et retransmise par visioconférence, participation gratuite.

Toutes les infos ici!

Pour sa deuxième édition, et à l’occasion de la Fête de la Science, le Festival du CNRS s’installe du 13 au 15 octobre au sein de l’établissement Le Labo - Cambrai. Au programme : trois jours d’ateliers et d’échanges avec des scientifiques des Hauts-de-France !

Et en bonus : 

Un atelier Art & Science « Une aventure cellulaire pour une école inclusive et inventive ! » animé par des scientifiques des Plateformes Lilloises en Biologie et Santé PLBS (INSERM/ULille/CHU Lille/IPL/CNRS) et de l’Unité de Glycobiologie Structurale et Fonctionnelle UGSF (ULille/CNRS). Cet atelier invite le public à détourner des images de cellules microscopiques et à laisser libre cours à son imagination pour réaliser des productions artistiques.

Plus d’informations sur le Festival du CNRS en cliquant ici

N’hésitez pas à partager l’événement sur les réseaux sociaux : #FestivalCNRS #FDS2022

Les journées du 13 & 14 octobre sont consacrées aux établissements scolaires. La journée du 15 octobre est ouverte au grand public ! 

Le réchauffement climatique a des causes et des conséquences que les chercheurs observent et quantifient quotidiennement grâce à différents outils tels que la microscopie optique, la fluorescence ou encore l’intelligence artificielle.

Après une présentation de ces outils développés par des chercheurs de la région, vous tenterez vous-mêmes de répondre à deux questions fondamentales de recherche que ces outils ont permis de traiter :

• Quel est l’impact de la pandémie de la COVID-19, en lien avec le réchauffement climatique, sur les organes d’un individu ?
• Comment imaginer les biomatériaux et les biocarburants de demain en étudiant la structure microscopique du bois ?

 Glissez-vous dans la peau d’un chercheur pour voir le monde autrement !

Atelier sur réservation pour les scolaires. Entrée libre pour le grand public.

Plus d'informations et réservation : Les Sciences infusent

A l’occasion de l’inauguration de la plateforme Recherche Data Gouv, le projet NORINE s'est vu décerner le prix Science ouverte des données de la recherche attribué par le ministère de l’Enseignement supérieur et de la recherche, dans la catégorie “Créer les conditions de la réutilisation”. Ce projet qui associe une base de données de peptides non-ribosomiques à des outils d'analyse et de visualisation est issu d'une collaboration entre l'équipe Bonsai du CRIStAL (UMR 9189), l'Institut régional de recherche Charles Viollette (UMR 1158 BioEcoAgro) et la plateforme bilille de l'UAR 2014 - US 41 PLBS.

Pour en savoir plus 

Rejoignez nous pour une présentation du trieur Bigfoot  le 31/05/2022 au sous sol de l'IRCL.

Inscription obligatoire via le formulaire ci-joint

Les plateformes bilille et GO@L participent au projet fédératif hospitalo-universitaire PRECISE (FHU PRECISE).

Ce projet vise à structurer le soin, la recherche et l’enseignement dans les maladies inflammatoires chroniques dites complexes, caractérisées par une résistance aux traitements et/ou par des complications liées à la pathologie ou aux traitements.

Suivez les actualités du FHU Precise sur twitter: @FhuPrecise

Le GIS IBiSA vient de décerner son label à ARIADNE-Criblage et à bilille ce qui porte à 5, avec BICeL, GO@L et PAGés-P3M, le nombre de plateformes des PLBS membres du GIS IBISA. Et comme une bonne nouvelle n’arrive jamais seule, le GIS IBiSA a également apporté son soutien financier à ARIADNE, BIceL et bilille pour l'acquisition d'équipements scientifiques qui seront bientôt ouvert à l'ensemble de la communauté scientifique !

Le Groupement d’intérêt scientifique (GIS) IBiSA coordonne la politique nationale de labellisation et de soutien aux infrastructures de biologie, santé et agronomie.