Génomique

GO@L – génomique

La plateforme de génomique comprend deux plateaux spécialisés de la métropole lilloise :

  • Le plateau Transcriptomics and Applied Genomics (TAG), localisé à l’Institut Pasteur de Lille, est spécialisé dans les applications de microbiologie.
  • Le plateau de Génomique Fonctionnelle et Structurale (GFS), intégré dans les locaux du Centre de Biologie Pathologie Génétique du CHU de Lille, développe son expertise notamment au service de la recherche translationnelle sur les cancers.

 

Savoir-faire et services proposés

La plateforme offre son expertise en étude de faisabilité et en montage de projets d’analyse génomique pour des projets à moyen/haut débit. Elle propose la technologie de séquençage en adéquation avec le projet, sa complexité et en fonction du type d’échantillons. Avec une approche globale ou ciblée, elle assure le suivi et la réalisation des projets de recherche de la qualification des échantillons, de la préparation des librairies et de leurs séquençage, jusqu’à l’analyse bioinformatique et biostatistique de ces données. La plateforme développe son expertise sur les approches suivantes :

  • Génomique « génomes entiers » : WGS, WES, amplicon-seq, Tn-seq, CGH-arrays.
  • Transcriptomique : RNA-seq, sRNA-seq, dRNA-seq, NGS-RACE, qRT-PCR, RNA-seq full-length, micro-arrays, DGE, single-cell.
  • Métagénomique : amplicon-seq ciblé 16S-ITS.

De la réalisation des expérimentations à l’accompagnement des équipes, la plateforme apporte son expertise sur le traitement des données générées :

  • Assemblage, caractérisation et annotation génomiques, détection et annotation desvariants, étude de transmission mendélienne.
  • Analyse différentielle d’expression, analyse non supervisée.
  • Assignation taxonomique, évaluation diversité (α et β), mesure de dysbiose.

Pour en savoir plus, contactez nous: genomique-plbsuniv-lillefr