Résumé

Dans le cadre du réseau métier ingénieur.e.s lillois, bilille organise un workshop de 2 jours autour de la communauté internationale et des pipelines de bioinformatique nf-core, les 8 et 9 Décembre sur le campus Cité Scientifique de l’Université de Lille, à Villeneuve d’Ascq.

Le projet nf-core a été créé en 2018 afin de proposer et maintenir de manière collaborative des pipelines d’analyse de bioinformatique en Nextflow selon des standards stricts de qualité et de reproductibilité, tout en facilitant leur mise en œuvre sur la majorité des infrastructures de calcul. La communauté, très active, qui s’organise autour de cette collection de pipelines rassemble des scientifiques du monde entier, issus de parcours très divers.

À l’occasion de cet atelier, nous accueillerons Maxime Garcia (Seqera labs, Stockholm), membre de l’équipe d’administration nf-core et développeur principal du pipeline d’analyse de variants génomique Sarek. Il présentera la communauté aux participant.e.s et les formera à l’utilisation de ces pipelines d’analyse, en alternant les présentations avec des mises en pratique. Il présentera également les outils de développement mis en place par nf-core pour permettre aux participant.e.s de contribuer aux outils existants et de proposer, si elles et ils le souhaitent, leurs propres pipelines selon les standards de la communauté.

Programme

Jour 1

9h00 - 12h : Introduction à nf-core et aux outils associés
13h30 - 17h30 : Présentation du pipeline d’analyse de variants génomiques Sarek

Jour 2

9h - 12h : Utilisation et création de modules nf-core
13h30 - 17h30 : Créer un pipeline aux standards nf-core

Inscriptions

Cet atelier s’adressant à un public averti en bioinformatique et/ou en biostatistiques, nous attendons des participant.e.s ayant déjà acquis une certaine familiarité les compétences suivantes :

• Utilisation courante de la ligne de commande sous Unix
• Utilisation des logiciels d’analyse de données de séquençage à haut débit
• Utilisation de ressources de calcul intensif (cloud, cluster, …)
• Connaissances de base sur les gestionnaires de workflow (Nextflow, SnakeMake, CWL, Galaxy,…)

Une familiarité avec Nextflow, Conda et des gestionnaires de containers (Docker/Singularity) sera également utile, sans être toutefois obligatoire.

La participation est gratuite, mais les places sont limitées et les participant.e.s seront sélectionné.e.s sur leur familiarité avec les prérequis pour l’atelier.

Les inscriptions sont closes.

Informations pratiques

🗺️ L’atelier aura lieu dans la salle Agora 1 du bâtiment ESPRIT sur le campus Cité Scientifique de l’Université de Lille, à Villeneuve d’Ascq (arrêt de métro 4 Cantons Grand Stade)
🕑 L’atelier aura lieu les 8 et 9 Décembre de 9h à 17h30.
🍴 Les repas du midi et pauses cafés sont pris en charge durant la formation.
🇫🇷 Les supports de formation seront en anglais et la présentation sera en français.

Comité d’organisation

Sarah Guinchard (PLBS - bilille), Pierre Péricard (PLBS- bilille), Jimmy Vandel (PLBS - bilille)
Contacts : sarah.guincharduniv-lillefr, pierre.pericarduniv-lillefr, jimmy.vandeluniv-lillefr

Soutien financier et remerciements

Ce workshop est financé dans le cadre du DU IA et Santé de la faculté de médecine de Lille
Nous remercions pour leur aide Vincent Sobanski, Prescillia Defrance et Corentin Spriet